Le parcours de la MPA s’articule en deux étapes fondamentales : une rencontre introductive et une rencontre d’approfondissement. Une fois que les instruments de la méthode ont été acquis par le biais d’exercices adaptés à tous, mais que chacun pratique de manière autonome selon sa propre volonté, le chemin se poursuit à travers la pratique quotidienne. La participation aux séminaires peut aider à approfondir certains thèmes spécifiques abordés au cours des rencontres. Les rencontres sont fortement déconseillées aux personnes souffrant de sérieux troubles de la personnalité ou se trouvant temporairement dans un état de forte tension émotive. Des groupes de méditation sont présents dans certaines villes.
Depuis quelques années en certains lycées de Rome, de Florence et de Prato on a offert des projets de Méditation Profonde adaptés aux exigences des étudiants pour en réduire le stress et améliorer l’apprentissage