Il percorso della MPA si sviluppa in due tappe fondamentali: un incontro introduttivo ed un incontro di approfondimento.
Acquisiti gli strumenti del metodo tramite esercizi adatti a chiunque ma che ciascuno porta avanti autonomamente secondo la propria indole, il cammino prosegue con la pratica quotidiana per la quale può essere di aiuto partecipare a seminari al fine di approfondire alcuni temi specifici trattati negli incontri.
Tutti gli incontri e i seminari sono tenuti da guide dell’associazione MPA, Gli incontri sono assolutamente sconsigliati alle persone con seri disturbi psichici o che si trovino anche temporaneamente in uno stato di forte tensione emotiva.
In alcune località sono presenti gruppi di meditazione.
Da alcuni anni in alcuni Licei di Roma, Firenze, Prato, Macerata e Civitanova Marche sono stati offerti progetti di Meditazione Profonda adattati alle esigenze degli alunni, per migliorare l'apprendimento e ridurre lo stress.